Из-за «костяных войн» между Маршем и Куопом в 1800-х годах, возникла путаница в названиях видов и родов. Первые окаменелости были описаны геологом Фердинандом Вандивером Хайденом в 1869 году. Хайдену останки были переданы фермерами из Колорадо, которые нашли их в Формациях моррисон. Хайден послал образцы Джосефу Лейди, который окаменелости, как останки уже известного в то время европейского динозавра Поекилоплерон Впоследствии Лейди решил, что эти останки заслуживают определения в отдельный род —Антродомеус.
Первые окаменелости типового вида найдены в формировании моррисон. Гофниил Чарльз Марш описал типовой вид A. fragilis в 1877 на основании частично сохранившихся трех позвонков, фрагментов ребер, зубов, костей ног и плечевой кости. Само название Аллозавр, что означает «странный ящер», было дано из-за того что позвонки Аллозавра сильно отличались от позвонков других динозавров известных на то время. Название типового вида fragilis означает хрупкий или ломкий, была дано из-за хрупкого строения позвонковз. Эдвард Коуп и Чарльз Марш, будучи в научной конкуренции, не успевали сравнивать свои новые находки со старыми;из-за этого некоторые окаменелости, которые сейчас относятся к видам или подвидам Аллозавра были выделены в отдельные рода. К таким псевдородам относятся Creosaurus ,Labrosaurus и Epanterias.
После открытия описания голотипа Аллозавр в Колорадо,Марш сконцентрировал работу в Вайоминге, потом снова работал в Колорадо в 1883 году, где депутат Флеш нашёл почти полный скелет Аллозавра и несколько частичных. В 1879 году один помощник Коупа, нашёл образец в районе Комо Блеф, в Вайоминге но, видимо,Куоп не смог раскопать эти образцы из-за их огромного количества. После раскопки этих образцов в 1903 году (спустя несколько лет смерти после Коупа), оказалось, что это одни из самых полных останков Терапод. Оказалось также, что в Комо Блеф рядом со скелетом Аллозавра был захоронен скелет Апатозавра ;также в Комо Блеф были найдены останки других Тероподов, но они пока ещё не опианы. Реконструкция голотипа Аллозавра, выполненная Чарльзом Р. Книгтом Вторая реконструкция голотипа Аллозавра, выполненная Чарльзом Р. Книгтом
Путаница с названиями усугубляется краткостью описаний, созданных Маршем и Коупом. В 1901 году Самуил Уендел Уиллистон высказал предположение, что неправильно выделять Креозавра и Эпантериаса в отдельные от Аллозавра рода. В качестве доказательства Уиллистон указал на то, что Марш никогда не был в состоянии отличить Аллозавра от Креозавра. Самые ранняя попытка разобраться в ситуации был предпринята Чарлбзом В. Гилмором в 1920 году. Он пришел к выводу, что хвостовые позвонки определённые, какАнтродомеус ничем не отличаются от тех же позвонков Аллозавра. Таким образом, следует отдавать предпочтение раннему названию, потому что старые названия имеют приоритет .С тех пор название Антродомеус употреблялось для названия этого рода более пятидесяти лет, пока Джеймс Мэдсен, не изучил останки найденные в Кливленд Лойд и пришёл к выводу, что следует использовать название Аллозавр, поскольку Антродемус был описан на слишком скудном материале.
