У Аллозавра имелось шесть шейных позвонков, четырнадцать спинных и пять крестцовых. Число хвостовых позвонков неизвестно; Джеймс Мэдсен считает, что у него было не менее 50, а Григорий Пол считает, что на самом деле не более 45. В позвонках Аллозавра имелись сквозные отверстия. Подобные отверстия есть у птиц; они помогают выталкивать воздух из воздушных мешков прямо через кожу, не тратя энергию на выдыхание из горла;что очень удобно, при больших физических нагрузках (например, при полёте). Из этого следует, что Аллозавр, вероятнее всего, интенсивно преследовал свою добычу - иначе объяснить наличие у него такого способа дыхания затруднительно.
Возможно, что у Аллозавра были дополнительные рёбра, как и у Тираннозавра, но возможно это обломки костей, а возможно и сильно фоссилизованная вилочковая кость, наличие которой у Аллозавра доказано в 1996 году. У некоторых особей Аллозавров концы лобковых костей не соединенны; возможно, это помогало им лежать на земле; Джеймс Мэдсон полагает, что это помогало самкам откладывать яйца и являлось половым диморфизмом.
Строение конечностей
Передние лапы Аллозавра были короткими по сравнению с задними (у взрослых лишь около 35 % длины задних конечностей), на них имелись три пальца, которые кончались крупными, сильно изогнутыми когтями. Предплечья был несколько короче, чем плечи (соотношение длины плечевой и локтевой кости равнялось примерно 1:1.2); запястье равнялось по длине локтевой кости. Из трех пальцев на передней лапе средний был самым крупным и отличался от других количеством фаланг. Ноги Аллозавра не были приспособлены для быстроты передвижения, скорее для устойчивости при передвижении. На ноге Аллозавра имелось три опорных пальца, и один не использовавшийся при ходьбе. Также есть признаки того, что на задней лапе у Аллозавра был и пятый рудиментарный палец.
Строение черепа
Череп Аллозавр по сравнению с черепами других Тероподов был небольшим, к примеру череп Тарбозавра был в два раза больше. Палеонтолог Григорий С. Пол изучив все известные черепа пришёл к выводу что самый большой достигал «всего» 845 мм. На каждой предчелюстной кости было пять зубов с D-образным сечением, а на каждой верхней челюстной кости, было от четырнадцати до семнадцати зубов, в зависимости от вида. На каждой нижней челюсти, было от четырнадцати до семнадцати зубов, чаще всего встречались черепа с шестнадцатью зубами на нижней челюсти. Зубы становились короче, уже и более изогнутыми по направлению к задней части черепа. Все зубы имели пилообразные края и легко сменялись после выпадения.
На черепе были парные гребни, которые постепенно переходили в рожки. Эти рожки являлись увеличенными надбровными гребнями, которые у всех Аллозавров разные. Поверх костяного основания основания этих наростов, вероятно шёл слой кератинового покрытия. Возможно эти гребни предназначались для защиты глаз от яркого солнечного света, ранее считалось, что Аллозавры бодались ими, но сейчас эта идея отвергнута, так как эти рожки слишком хрупкие для этой цели. Внутри этих рожек, также могла располагаться сольная железа.
Воздушные проходы у Аллозавра были более развиты, чем у более примитивных тероподов таких как Цератозавр и Маршозавр, благодаря этому у Аллозавра было очень хорошо развито обаняние, а возможно и имелся вомероназальный орган. Лобные кости черепа была тонкими, возможно, для улучшения терморегуляции мозга. Между верхней и нижней челюстью имелся хорошо развитый шарнирный сустав, который позволял Аллозавру очень широко раскрывать пасть.
