Как внутри жилищ, так и рядом с ними часто встречаются хозяйственные ямы, обычно зерновые. Нередко размеры и даже конструкции зерновых ям сходны с размерами и конструкцией ямы полуземлянки, поэтому их надо уметь отличать. Если ямы вырыты в материке, то вследствие высыхания их заполнения между материком и стенками ямы иногда образуется трещина шириной от 1 — 2 мм до 1 см. В ямах, открытых в культурном слое, трещины не наблюдаются, так как культурный слой высыхал в той же степени, что и заполнение ямы. Зерновые ямы обычно грушевидны. В раннее время стенки ям в античных поселениях обкладывали мелкими камнями, в позднее — обмазывали глиной и изнутри слегка обжигали. Обмазка стенок ямы глиной, перемешенной с соломой, встречается не только в античных памятниках. Если такие ямы выкапывались в культурном слое, то их верхняя часть не могла удержаться сама по себе, как в материке. В таких случаях верхнюю часть ямы с узкой горловиной выкладывали из камня. Этот венец обычно находят рухнувшим вниз. Нередко в ямы вставлялись огромные сосуды — пифосы, от которых обычно сохраняется нижняя треть.
Ямы в культурном слое могут не выделяться ни по цвету, ни по структуре, иногда их выдает лишь состав находок. Ямы надо выбирать особо, до снятия пласта, в который она уходит. Заполнение открытой ямы выбирается по пластам — сначала из одной ее половины, затем, по зарисовке профиля, из другой.
Во время расчистки ямы важно установить ее природу, т. е. искусственная она или естественная, выявить, для чего она предназначалась и как использовалась . Поэтому вынимаемая земля тщательно просматривается. На дне ямы часто удается обнаружить остатки зерна, соломы, которые берутся и упаковываются особым образом.
