Основным способом раскопок могильника является сплошной раскоп . При этом обнаруживаются не только пятна могильных ям, но и полнее выявляются остатки тризн, приношений умершим, а также погребальный обряд. Кроме того, подобный способ позволяет исследовать и междумогильное пространство, что важно, если могильник устроен в культурном слое .
Раскоп должен включать всю предполагаемую площадь могильника, которая определяется топографической закономерностью расположения. Ориентирами при этом служат места разрушенных могильных ям и места находок костей. Разбивка раскопа производится по правилам раскопок на поселениях , причем в пределах раскопа разбивается сетка квадратов размером 2x2 м каждый, угловые колья которых нивелируются . Затем снимается план местности в масштабе 1: 40 или 1 :50 с обозначением на нем раскопа и сетки квадратов. На этот же план наносят выступающие из земли камни, которые могут оказаться частью обкладки могилы или другим намогильным сооружением .
Раскопки производят по одной линии квадратов или по двум соседним линиям. Задача состоит в обнажении материка, но почвенный слой может быть достаточно толстым, и его раскапывают по пластам толщиной до 20 см. Раскопки второго, третьего и последующих пластов производятся с осторожностью, чтобы не пошевелить возможных сооружений — камней, дерева, костей, черепков и др. Все, что при этом будет найдено, оставляется на месте до полного вскрытия остатков в ширину и глубину, зачищается и заносится на особый план в масштабе 1:20 , фотографируется, описывается и только после этого убирается.
После окончания раскопок первой полосы квадратов зачерчиваются оба ее профиля. На чертеже изображают верхнюю линию по данным нивелировки, почвенный слой со всеми прослойками и включениями, части могильных ям и намогильных сооружений, если они попали в профиль. Если остатки намогильного сооружения вскрыты не полностью, их не разбирают до тех пор, пока раскопками следующей полосы квадратов их не вскроют целиком. Пятна могильных ям, обнаруженные на материке, также не раскапываются, пока не будут открыты полностью. Если в траншее не обнаружено ни следов могильных ям, ни сооружений, ни культурного слоя, то ее можно использовать для переброски туда земли из соседней траншеи. Прирезки для полного вскрытия могильных ям производят лишь в том случае, если площадь, куда они уходят, раскапывать не предполагается.
При раскопках в культурном слое очертания могильных ям проследить трудно, поэтому роль тщательной зачистки подошвы раскопа особенно велика. Нужно также иметь в виду, что на юге встречаются погребения в толстом слое древнего чернозема на глубине всего 30 —35 см от современной поверхности, а могильные ямы в черноземе не видны.
Формы могильных ям. Ямы древних могил обычно близки к четырехугольным с округленными углами , причем их стенки слегка наклонны. Ямы в песчаном грунте имеют сильно скошенные стенки, чтобы их края не осыпались. Обычно с одного конца такой могилы делался отлогий выход из ямы.
Глубина древних могил различна — в фатьяновских могильниках от 30 см до 210см, в античных некрополях — до 6 м, глубины 10 м достигают колодцы катакомбных погребений. Можно указать на встречающиеся в античных некрополях могильные ямы с вертикальными стенками, широкие вверху и сужающиеся внизу уступом. В узкой части такой ямы и находится погребение, перекрытое сверху накатом бревен или камнем, поэтому эти погребения известны в археологии как могилы с заплечиками. Если земля, просочившаяся сквозь бревна накатника, заполнила могильную яму еще до того как эти бревна потеряли прочность, они прослеживаются в виде горизонтальной прослойки древесного тлена. Если же бревна, переломившись посередине, рухнули в яму, образуя V-образную фигуру, они могут нарушить целостность погребения и сильно затрудняют расчистку.
Аналогичную картину представляет собой срубная могила эпохи бронзы. Стенки таких могил обкладывались бревнами редко, но почти всегда покрывались накатником, который с течением времени сгнивал.