Но иногда подобных обнажений на памятнике нет, поэтому его стратиграфию приходится изучать, закладывая шурф или траншею, которые прорезают все напластования. При этом надо иметь в виду, что и шурфы, и траншеи — лишь первые участки будущих раскопов, которые будут прирезаны к ним в нужном направлении, как только будет изучена стратиграфия напластований1. Ограничиться шурфом, не разворачивая его в раскоп , можно лишь в том случае, когда в шурфе культурный слой полностью перекопан или вовсе не обнаружен. Одиночный шурф, а тем более серия заброшенных, не развернутых в раскоп шурфов портят памятник, ведут к его гибели.
В некоторых случаях удобно предварительно разметить весь будущий раскоп, определенную часть которого следует отвести для исследования шурфом или траншеей. После этого вскрывается культурный слой по всему раскопу. Размеры шурфов и траншей зависят от конкретных условий: в сыпучем и глубоком слое они могут быть больше, в плотном и мелком — меньше. Стратиграфию культурного слоя толщиной 20 — 30 см можно выяснить шурфом площадью 1 кв. м, но для напластований мощностью 4 — 5 м размеры шурфа увеличиваются до 64 — 80 кв. м. Ширина траншеи обычно не менее двух и не более четырех метров.
При закладке шурфа или траншеи и при их раскопках соблюдаются все правила обычных раскопок, но с одной существенной поправкой: сооружения, входящие в шурф или траншею, ни в коем случае не разрушаются, так как при малых размерах вскрываемой площади они не могут быть более или менее полно изучены, даже их характер не может быть достоверно выявлен.
На памятниках, культурный слой которых насыщен архитектурными остатками, шурфы и траншеи категорически запрещены . Для выяснения стратиграфии подобных объектов на них закладываются раскопы, часто называемые стратиграфическими. Недостаток такого раскопа состоит в том, что он копается еще до выяснения характера слоев, преимущество — в том, что он имеет размеры, достаточные для изучения не только порядка напластований и иных вопросов стратиграфии, но и входящих в него сооружений.
В памятниках, имеющих архитектурный скелет, раскоп служит опорой при археологических исследованиях. Архитектурные остатки могут быть связаны в ряд сменяющих друг друга стратиграфических ярусов, и задача сводится к построению этих ярусов, к их датировке, характеристике и т. д.
При исследовании многослойных памятников, не имеющих архитектурного скелета, вся последовательность напластований, а следовательно, и вся история поселения не может быть понята без наблюдений разрезов культурных наслоений — профилей. Профили служат основанием для разделения напластований на слои, для выявления некоторых сооружений, их связи и иных подробностей.